Rūjas upes baseinā, galvenokārt augštecē un vidustecē ir daudz mežu ar nelieliem atsevišķiem palieņu pļavu fragmentiem. Pārējā upes baseina teritorijā raksturīgas galvenokārt slapjas, palos applūstošas, daļēji aizaugušas pļavas, mazākās platībās arī mēreni mitras un sausas pļavas, krūmāji gar meliorācijas grāvjiem, kā arī (galvenokārt vidustecē) zemie jeb zāļu purvi. Lai gan, teritorijas apsaimniekošanu apgrūtina tās atrašanās slapjā un purvainā upes palienē, Rūjas upes baseina zeme galvenokārt tiek izmantota lauksaimniecībā, jo upes baseina palieņu pļavās ir ļoti auglīgas augsnes. Šajās lauksaimniecības zemēs, gandrīz vienlīdzīgu lomu ieņem gan zemkopība, gan lopkopība. Liela daļa pļavu jau vairāku gadu desmitus netiek apsaimniekota, tādēļ daļa šo pļavu ir aizaugušas un pakāpeniski aizaug. Lielu Rūjas upes baseina teritoriju aizņem arī daudz citu ūdeņu (upju, grāvju un vecupju ūdeņi). Rūjas upes baseins vietām ir meliorēts. Meliorācija galvenokārt veikta tādēļ, lai samazinātu palu ilgumu un apjomu palienē. Lejteces posmā Rūjas kreisajā krastā 1970-to gadu sākumā izveidoti Rūjas zivju dīķi 750 ha platībā, kas veidoti ceļot uzbērumus Rūjas palienē. Šobrīd tiek izmantoti tikai pāris no zivju dīķiem pie vienas no sūkņu stacijām, pārējie aizaug ar niedrēm, grīšļiem, kārkliem. Šo dīķu ierīkošana kādreizējā palienē būtiski samazināja palieņu platību, turklāt patreizējo dīķu vietā palieņu pļavas vairs nav atjaunojamas (Dabas lieguma..., 2006). Rūjas upes baseina teritorija ir praktiski neapdzīvota, daudzviet redzamas pamestas viensētas, bet, kaut gan apdzīvotība ir neliela, šo teritoriju bieži apmeklē daudz cilvēku, visbiežāk makšķernieki un ūdenstūristi (NATURA 2000 teritorijas..., 2005).
Uz Rūjas upes ir uzcelti Ķoņu un Imantas HES, kas izveidotas agrāko dzirnavu vietās. Šie HES negatīvi ietekmē zivju migrācijas ceļus, kā arī veicina upes aizaugšanu un ietekmē upes dabisko hidroloģisko režīmu (Dabas lieguma..., 2006). Patreiz lielākoties teritorija tiek izmantota ūdenstūrismam un komerciālajai makšķerēšanai. Paredzams, ka nākotnē ūdenstūristu un makšķernieku skaits teritorijā varētu pieaugt, jo vairākiem privātīpašniekiem ir interese savos īpašumos izveidot makšķerēšanas un ūdenstūrisma bāzes (NATURA 2000 teritorijas..., 2005). Šajā teritorijā plaši izplatītas ir arī medības. Tiek medīti aļņi, mežacūkas, pīles un citi dzīvnieki. Mežsaimnieciskā darbība, tāpat kā būvniecības darbi upes baseinā, vairs nav tik plaši izplatīti kā agrāk, tādēļ, ka liela upes baseina teritorijas atrodas lieguma zonā. Bez iepriekš minētajiem teritorijas izmantošanas veidiem, tajā notiek arī sēņošana un ogošana (Dabas lieguma..., 2006; NATURA 2000 teritorijas..., 2005).
…
