Analizējot ar SEREX (serological identification of tumour antigens by recombinant expression cloning) metodi kuņģa adenokarcenomas audus, NUCB2 tika identificēts kā potenciāls audzēja antigēns. Analizējot antigēnu molekulāri, tika noteikts, ka tā ekspresija audzēja audos 50% gadījumos ir pazemināta salīdzinājumā ar normāliem audiem. Lai noskaidrotu iespējamos cēloņus, tika meklētas somatiskās mutācijas NUCB2 promotera rajonā audzēju šūnās un analizēta šajā rajonā esošās CpG saliņas metilēšana.
Analizējot NUCB2 promotera rajona sekvences tika atrasti pieci viena nukleotīda polimorfismi (SNP), no kuriem četri SNP (1.SNP, 2.SNP, 3.SNP,5.SNP) tika atrasti UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) datubāzē, bet viens ir iepriekš nedetektēts (4. SNP). Analizējot SNP atšķirības starp audzēja un normāliem audiem, atšķirības netika atrastas, kas liecina par to, ka šajā DNS rajonā audzēja audos nav somatiskas mutācijas. Salīdzinot pacientu un kontroles grupas paraugu sekvencēs atrastos polimorfismus, tika konstatēts, ka visi iepriekš zināmie polimorfismi ir sastopami gan vēža pacientiem, gan kontroles grupā, bet 4. SNP A alēle tika noteikta 2 no 8 vēža pacientiem, bet ne kontroles grupai. Taču, lai spriestu par šī polimorfisma saistību ar vēža veidošanos, ir jāizanalizē ievērojami lielāks pacientu skaits un jāveic funkcionālie pētījumi.
Otrs iespējamais mehānisms gēnu ekspresijas pazemināšanai ir DNS CpG saliņu metilēšana. Pašlaik ir iesākts darbs pie metodes izstrādāšanas, lai noteiktu DNS metilēšanu. Metodes pamatā ir genomiskās DNS modificēšana ar nātrija bisulfītu, analizējamā rajona amplifikācija ar PCR un modificētās DNS sekvenēšana.
Darbs tika izstrādāts 3. un 4. studiju semestra laikā, LU Biomedicīnas pētījumu un studiju centrā, Dr. biol. Aija Linē vadībā.
Šī darba rezultāti publicēti:
A. Line, Z. Slucka, K. Silina, J. Miltins, A. Stengrevics. Identification and characterisation of two novel gastric cancer-associated antigens – TACC1 and NUCB2. 1st European conference “Functional genomics and disease”, Prague, Czech Republic, May 14-17, 2003. PD3/153
Summary
Analysing the tissues of gastric cancer by SEREX (serological identification of tumour antigens by recombinant expression cloning) method, NUCB2 was identified as a potential tumour-associated antigen. By molecular analysis of the antigen it was established that its expression in tumour tissues is reduced in 50% cases in comparison with adjacent normal tissues. To find out the possible reasons, the search of somatic mutations in the NUCB2 promoter region of tumour cells was performed and the methylation of the CpG island located in the region was analysed.
Analysing the sequence of NUCB2 promoter region, five single nucleotide polymorphisms (SNP) were identified: four of them (1.SNP, 2.SNP, 3.SNP, and 5.SNP) were found in UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) database, but one of them is previously undetected (4. SNP). Analysing the SNP differences between the tumour and normal tissues, no differences were found, and it evidences that in this DNS region of tumour tissues somatic mutations are absent. Comparing the polymorphisms found in the sequences of patient and control group specimens it was established that all the previously known polymorphisms were present both in cancer patients and in the control group, but 4. SNP A allele was identified in 2 out of 8 cancer patients and not in the control group. In order to assess the relation between the 4. SNP and the aetiology of cancer, a significantly larger number of patients should be analysed and also functional analysis should be carried out. …
