Jēdziens inkvizīcija ir cēlies no latīņu valodas vārda inquīsītio, kas nozīmē izmeklēšana, kā arī inquīsītio haereticae pravitatis, kas savukārt nozīmē ķeceru tiesa. Inkvizīcija bija Romas katoļu baznīcas tiesa ticības atkritēju jeb ķeceru vajāšanai, tiesāšanai un sodīšanai.
Kristīgās ticības pirmajos gadsimtos pastāvēja pilnīga ticības brīvība. Bet pamazām nodibinājās uzskats, ka pestīšana ir iespējama tikai katoļu baznīcā; tāpēc atkritēji jāatgriež vai arī jāizstumj no ticīgo pulka, lai tie nenovērstu no “pareizā ceļa” citus. Kad kristietība kļuva par valsts reliģiju , baznīca un valsts vara sāka uzskatīt novēršanos no ticības dogmām par sektantismu, kas ir apkarojams spaidu kārtā. Jau Augustīns (354.-430.) cīņā pret donātistiem sadarbojās ar valsts varu lai apspiestu šo kustību. Viņš arī atzina ka šādos gadījumos ir lietojami naudas un miesas sodi. Vēlāk pāvesti šiem sodiem pievienoja klostera sodus – rīkstes un cietumsodu. 1022. gadā pirmo reizi kā soda veids ķeceriem tika pielietota sadedzināšana uz sārta, kad Orleānas valdnieks lika sadedzināt 11 atkritējus. Šis soda veids bija aizgūts no ģermāņiem, kuri uz sārta sadedzināja burvjus.
IX gadsimtā tika nodibinātas īpašas sinodes tiesas, kas sastāvēja no 7 zvērinātiem draudzes locekļiem un kas bīskapam ierodoties vizītē ziņoja par draudzē novērotiem pārkāpumiem pret pareizo ticību.
Krusta karu laikā, kad Eiropā pieauga reliģiskais fanātisms, pāvesti apkārtceļojošajiem legātiem uzdeva vajāt visus atkritējus. XII – XIII gadsimta sinodes (Veronā 1184.g., Tulūzā 1229.g.) un 4.Laterāna koncils (1215.g.) pieņēma lēmumus par atkritēju sodīšanu.
Pāvests Gregorijs IX noorganizēja inkvizīcijas procesu (tiesāšanas kārtība, kad viens un tas pats justīcijas orgāns izdara visus pret apsūdzēto vērstos procesuālos aktus: vada izmeklēšanu, ceļ apsūdzību, pratina lieciniekus, noskaidro lietas apstākļus un pasludina spriedumu.) ieceldams ķeceru vajāšanai īpašus pāvesta inkvizitorus. 1253.g. viņš atņēma bīskapiem sinodes tiesas priekšsēdētāja amatu un nodeva visas lietas pret atkritējiem dominikāņu ordenim. …