Vispārējā mikrobioloģija – pēta mikroorganismu dzīvības likumsakarības, mikrobu vispārējās īpašības
Tehniskā mikrobioloģija – pēta mikrobu bioķīmisko aktivitāti, mikrobu izmantošanu rūpniecībā, lai sintezētu un ražotu, piemēram, antibiotikas, aminoskābes, vitamīnus, organiskās skābes
Gēnu inženierija - pēta iespējas, izmantojot mikrobu šūnas, iegūt tautsaimniecībā un medicīnā nepieciešamas vielas vai produktus
Lauksaimniecības mikrobioloģija – pēta augsnes paraugu mikrofloru, izstrādā augsnes auglības uzlabošanas metodes-bakteriālos mēslojumus
Veterinārā mikrobioloģija – pēta mikrobus, kas izraisa infekciju slimības dzīvniekiem, šo slimību diagnostikas un profilakses metodes
Medicīniskā mikrobioloģija – pēta mikrobu lomu cilvēku dzīvē, pēta mikrobus, kas izraisa infekciju slimības cilvēkiem, to diagnostikas un profilakses metodes
Kosmiskā mikrobioloģija – pēta mikrobu izplatību kosmosā, kā arī Zemes mikroorganismu izmaiņas kosmiskajā telpā…