Dānijas šaurumiem uzcelti Lielā Belta tilts 1997. gadā un Ēresuna tilts 1999. gadā, Baltijas jūrā var iekļūt tikai vidēja lieluma kuģi. Tomēr Baltijas jūra kalpo par galveno Krievijā un tai piegulošajās valstīs iegūtās naftas transporta ceļu. Baltijas jūrai raksturīgs liels skaits nelielu naftas noplūžu, kas pakāpeniski degradē jūras ekosistēmu.
k gadus Ziemeļjūrā ieplūst 940 km³ iesāļūdens. Savukārt dziļāk esošais, sāļākais ūdens plūst pretējā virzienā — no Ziemeļjūras uz Baltijas jūru, vidēji gadā Baltijas jūrā ieplūst 475 km³ ar skābekli bagātināts sāļūdens. Šis ūdens ar virsējo ūdens slāni sajaucas ļoti lēni, rezultātā Baltijas jūrā sāļākais ūdens atrodas 40—70 metrus dziļi.
Lielākās jūrā ietekošās upes ir Daugava, Nemuna, Ņeva, Odera un Visla. Bez tam Baltijas jūrā ir arī pozitīva nokrišņu bilance — vairāk saldūdens jūrā nolīst nekā iztvaiko.
Ledus tā maksimālās izplatības periodā (februāris—marts) klāj vidēji 45% Baltijas jūras platības. Parasti aizsalst Botnijas līcis,Somu līcis, Rīgas jūras līcis un Veinameri starp Igaunijas salām
Atklātā jūrā visa gada laikā dominē rietumu, dienvidrietumu un dienvidu vēji
…