Katra saimnieciskā darbība rada kaitējumu dabai, videi. Aizsprostu veidošana uz ūdenstecēm rada dabīgā hidroloģiskā režīma traucējumus, veido tādu ūdens līmeņa režīmu, kas nesakrīt ar to dabiskajām sezonālajām svārstībām. Nav iespējams novērst hidroelektrostaciju negatīvo ietekmi, bet iespēja to samazināt līdz minimumam ir pilnīgi reāla.
Līdz šim brīdim pirms mazo hidroelektrostaciju būvniecības ir ticis pieprasīts tikai zivsaimnieciskās ekspertīzes slēdziens, bet ekoloģiskā ekspertīze – atzinums par īpaši aizsargājamo sugu un biotopu esamību, HES ietekmei pakļautajās teritorijās, ir tikusi veikta tikai atsevišķos gadījumos.
Jāatzīmē, ka, vairumā gadījumu līdz šim veiktās ekoloģiskās ekspertīzes nav izmantojamas mazo HES ietekmes novērtēšanai, jo tās ir veiktas nekvalitatīvi un neatbilstoši situācijai dabā. Otra problēma ir sekojoša - Latvijā līdz šim ir veikti tikai atsevišķi pētījumi par upju regulēšanas un ar to saistītā hidroloģiskā režīma izmaiņu ietekmi uz upi un tās apkārtni, kā arī visi iespējamie upju regulēšanas ietekmes faktori šobrīd vēl nav apzināti. Nav arī pētīta jaunizveidoto upju aizsprostu kopējā ietekme uz upes bioloģisko stāvokli, gruntsūdeņu izmaiņām apkārtējās teritorijās pēc uzpludināšanas un ūdens līmeņu regulārām svārstībām.
HES pozitīvā ietekme:
• tiek sakārtoti bijušie dzirnavezeri un ūdenskrātuves, kas bija aizauguši, nekoptiem krastiem, sabrukušām dzirnavām, hidrobūvēm avārijas stāvoklī, bez saimnieka, plūdos apdraudot to ietekmes zonā esošos objektus (dzīvojamās mājas, vēsturiskos n kultūras pieminekļus, u.c.). Kā paraugu var minēt Ainavas HES, Sendzirnavu HES, Brenguļu HES, Spruktu HES, Rideļu HES, Zāģeru HES, u.c.;
• ražojot elektroenerģiju ar ūdens palīdzību, netiek sagrauts ozona stāvoklis,
neveidojas skābā lietus mākoņi, netiek piesārņots gaiss;
• sakārtotā vidē un labturīgi apsaimniekotā ūdenskrātuvē ir iespējama rekreācijas,
lauku tūrisma, makšķerēšanas, ūdensapgādes attīstība, ar laiku atjaunojoties
lauksaimniecībai - arī zemju laistīšana utt.
…