Nodrošinot valstisko neatkarību un veicinot iekšējo drošību, būtiska nozīme ir spējām apsargāt un kontrolēt valsts robežu. Šajā jomā riski saistīti ar personu, transportlīdzekļu un kravu nelegālu robežas šķērsošanu, kontrabandas preču, ieroču, narkotisku un radioaktīvu vielu nelegālu ievešanu Latvijas valstī un tālāku pārvešanu uz ES valstīm, kā arī nelegālu migrāciju. Atceļot ES iekšējo robežkontroli, protams, saglabājas robežkontrole uz ES ārējām robežām – Latvijai tā ir sauszemes robeža ar Baltkrieviju un Krieviju. Pirmais uzdevums, ko Latvija saņēma no ES, gatavojoties dalībai Šengenas zonā, bija nostiprināt ārējās robežas kontroli, ieviešot Šengenas valstu standartus un sakārtojot infrastruktūru – gan sauszemes robežkontroles punktos, gan lidostās un ostās.
2004. gada 1. maijā uz robežas tika ieviests atvieglotais pasu kontroles režīms Eiropas Savienības pilsoņiem, un jau tad robežsardzes vadība prognozēja, ka vidēji gada laikā nebūs iespējas atklāt vismaz 500–600 cilvēku, kuri izsludināti Eiropola vai policijas meklēšanā. To pierāda arī pašreizējā situācija.
Pārvietošanās brīvība ES ir liels ieguvums likumu cienošiem pilsoņiem, kas ir galvenais Šengenas konvencijas mērķis - īstenot ES paredzēto brīvu personu un preču kustību, atceļot valstu iekšējās robežas. Tas ir ērti valstu iedzīvotājiem un uzņēmējiem, taču valstu drošībai tas ir risks, ir jāsaskaras ar robežu atcelšanu ēnas pusēm - pārrobežu noziedzību, nelegālo imigrāciju. Terorisms, kibernoziegumi, narkotiku kontrabanda un nelegāla cilvēktirdzniecība ir starp redzamākajiem pārrobežu noziedznieku darbības piemēriem.